根据段树民主编的建议，编辑部选取了本刊2013年以来发表研究论文在Web of Science数据库高被引频次的论文3篇，推荐为“最佳论文奖”和“优秀论文奖”候选，联系作者并安排评选答辩会，邀请部分编委作为评委。3位作者分别根据候选论文进行演讲和答辩，评委投票。北京回龙观医院精神医学研究中心范丰梅荣获“最佳论文奖”；中国科学院生物物理研究所苏涛和南通大学姚登兵分别荣获“优秀论文奖”。段树民主编向获奖者颁发了奖状和奖金，还向获得“优秀综述奖”的第二军医大学袁一旻颁发了奖状和奖金。

2015年9月23日，在中国神经科学学会第十一届全国学术大会闭幕会上，段树民主编向“编委杰出贡献奖”获得者，美国Duke大学的纪如荣教授和第四军医大学的陈军教授颁发奖状和奖金，以表彰他们为Neuroscience Bulletin学术影响力的提高所做出的杰出贡献。

为促进中国神经科学基础研究的发展和学术交流，鼓励我国在神经科学研究领域的优秀青年科研人员积极向Neuroscience Bulletin投稿，提升文章质量，扩大中国本土神经科学期刊的国内外影响力，编辑部从2013年开始评选优秀论文奖，每两年评选一次，在中国神经科学学会学术年会上颁发奖状和奖金。最佳论文奖奖金为人民币3000元，优秀论文奖奖金为人民币1000元。